段鸿飞2011年入选“北京市科技新星计划”，2015年获中华医学科技奖三等奖一项，2016年被评为“首都优秀青年医生“，2017年获中华医学会结核病学分会杰出青年人才奖，2020年入选国家健康科普专家库第一批成员名单。目前为中华医学会结核病学分会第十八届委员会委员，中华医学会感染病学分会第十二届委员会青年委员，中国防痨协会第十一届委员会结核病临床专业委员会秘书长，中国防痨协会第十一届委员会青年理事会副主任委员。张立群当选为中华医学会结核病学分会第十七届委员会结核性脑膜炎委员会委员，杨新婷当选为中国防痨协会第十一届委员会结核病临床专业委员会委员。

上世纪90年代WHO宣布“全球进入结核病紧急状态”，此时我国的肺结核患病率高达523/10万。针对当时结核病疗程长、诊断效率低和耐药率高等严峻问题，项目组在国家科技重大专项等课题的支持下，历经20年协同攻关，创建了符合我国国情的诊断新技术及治疗方案，取得了一系列突破性原创成果。1.率先建立我国结核病短程化疗方案并在全国推广。确定强化期异烟肼、利福平、吡嗪酰胺和乙胺丁醇（链霉素）两个月，巩固期异烟肼和利福平四个月的治疗方案，成功把我国抗结核疗程从18个月缩短至6个月，作为标准方案由卫生部在全国推广应用 (The Lancet,1996,IF=39.2 他引：89次)，成果获1993年北京市科学技术进步二等奖。1990-2000年，13个省采用本方案治疗患者…

主编《非结核分枝杆菌病的诊断和治疗》，2019年由人民卫生出版社出版。