1981年5月，原卫生部在北京市结核病研究所（现北京市结核病胸部肿瘤研究所/首都医科大学附属北京胸科医院）成立了“北京全国结核病防治研究中心”，1991年8月更名为“卫生部结核病控制中心”，2002年1月18日再次更名为“中国疾病预防控制中心结核病防治临床中心”（以下简称“临床中心”）。

1989年8月，经原卫生部、世界卫生组织以及北京市卫生局批准，在中心成立了“世界卫生组织结核病化疗研究合作中心”；1996年8月，更名为“世界卫生组织结核病研究和培训合作中心”。

1991年，为了提高结核病实验室检测水平，原卫生部在中心成立“国家结核病参比实验室”。2010年，国家结核病参比实验室更名为国家结核病临床实验室。

四十年来，临床中心在卫生行政部门的领导下，开展了面向全国的大量结核病控制工作：先后制定并组织实施了三个全国结核病防治十年规划；主持开展了四次全国结核病流行病学抽样调查；协助建立全国结核病防痨网络和实验室网络；创建全国结核病登记报告制度；组织实施世界银行贷款中国结核病控制项目、卫生部加强与促进结核病控制项目等国家结核病防治项目；组织开展全国结核病耐药性基线调查；制定结核病临床路径等技术指南；作为“世界卫生组织结核病研究培训合作中心”开展了大量结核病培训和研究工作。

近年来，随着国家结核病防治服务体系的调整，临床中心的主要工作职责转向为国家结核病防治规划提供临床技术支持和保障，承担国家结核病防治规划中临床诊疗相关技术规范的制定；组织开展面向全国各级结核病定点医疗机构的培训、督导检查、诊疗质控和考核、结核病实验室质控等业务指导和技术支持工作；组织实施结核病临床研究以及结核病防控策略相关的实施性研究；为国家结核病防控策略制定、突发公共卫生事件应急处置提供技术支持；开展结核病健康宣教；开展国际间协作和学术交流等工作，为全国结核病防治工作的推进和各项任务指标的完成做出了积极的贡献。